Bonjour Mako,
ma modeste contribution à ton sujet sera mon premier post chez les fous d'anim (que je salue au passage-bonjour à tous!-

).
Ta question m'interpelle du fait que je procède, dans les grandes lignes, de la même manière que toi (dessin à la main/scan, etc...)
C'est vrai que Movie Maker ne fait pas très "pro" à l'évocation, mais en même temps, pourquoi se moquer, il remplit, dumoins il me semble, les fonctions de base d'un logiciel de montage. Les soucis inhérents à son utilisation me paraissent se situer, par contre, au niveau de l'exportation (choix très peu varié et contraignant des formats et des codecs, voire ultra limité selon mes souvenirs) et bien sûr au niveau de son coté un peu basic justement (en tout cas comparé à des pontes du domaines tels que director ou première-les seuls que je connais-)
Et donc, comme toi je dessine chaque pose du (ou des) persos sur papier (anim tradi quoi), et celà à la mine bleue, pour que, une fois scanné, je puisse effacer les traits de construction et ne garder que le cernage en noir définitif par selection de couleur sous photoshop.
Quant à la couleur, perso je colorise chaque image sous photoshop justement, mais c'est loin d'etre de la grande peinture vu l'aspect laborieux du procédé...
Je fais également le compositing sous photoshop: décor + calque avec pose du perso = image (plus ou moins finie). Puis je monte les plans finis avec première.
Mais pour être parfaitement honnête, j'ai développé cette...heu..."méthode" au fil de mon apprentissage autodidactique de l'animation, et c'est loin d'être la voie la plus simple et surtout la plus efficace de tous les points de vue. Je ne te raconte pas la tête que j'ai tiré en découvrant des logiciels comme mirage ou encore after effects. Mais à ces sujets là, beaucoup de piliers des fous d'anim sont bien plus calé que moi.
J'éspère avoir un peu éclairé ta lanterne (magique?) en t'apportant une ébauche de réponse.